Рас­ста­вим знаки пре­пи­на­ния:

Фёдор Ильин на ми­ну­ту за­ду­мал­ся 1) , и 2) , когда снова в поле его зре­ния ока­за­лась 3) _ вы­кра­шен­ная в зелёный цвет 4) _ плос­кая крыша, он об­на­ру­жил 5) : чёрной птицы на ней уже не было, она ис­чез­ла так же вне­зап­но, как и по­яви­лась.

За­пя­тые 1) и 2) ста­вят­ся на гра­ни­це ча­стей в слож­ном пред­ло­же­нии.

На месте цифр 3) и 4) знаки пре­пи­на­ния не нужны.

На месте цифры 5) ста­вит­ся двое­то­чие между ча­стя­ми бес­со­юз­но­го пред­ло­же­ния, так как вто­рая часть рас­кры­ва­ет со­дер­жа­ние пер­вой.

Ответ: 12.