Запятая ставится на месте всех пропусков в предложениях:
Расставим знаки препинания.
1. Ум, направленный на одно отрицание, бледнеет, и вянет, и сохнет. — Запятая ставится перед повторяющимся союзом И при однородных.
2. Туристические маршруты проходят по Енисею_ и Оби, Лене_ и Амуру — Запятые не нужны, так как союз И между попарно связанными однородными.
3. Чистая совесть не боится ни лжи, ни слухов, ни сплетен. — Запятые между однородными.
4. А. С. Пушкин до восстания_ и после его подавления был довольно близок со многими декабристами_ и членами их семей. — Запятые не ставятся, потому что союз является одиночным между однородными членами, образующими разные ряды.
5. [Дуб_ и тополь остались позади], и [место чёрной берёзы заняла белая]. — Перед первым И запятая не нужна, потому что союз И одиночный при однородных подлежащих; перед вторым И ставится запятая на границе частей в сложносочинённом предложении.
Ответ: 13.